Будет ли помехой факт регистрации Вашего брата (прописка) в доме зависит от воли покупателя, т.е. пожелает ли покупатель приобрести квартиру с подселением. Продавать дом в данном случае Законом не запрещается.
Необходимо отметить, что Согласно ст.558 ГК РФ, Существенным условием договора продажи жилого дома, квартиры, части жилого дома или квартиры, в которых проживают лица, сохраняющие в соответствии с законом право пользования этим жилым помещением после его приобретения покупателем, является перечень этих лиц с указанием их прав на пользование продаваемым жилым помещением.
вместе с этим, согласно ст.292 ГК РФ, Переход права собственности на жилой дом или квартиру к другому лицу является основанием для прекращения права пользования жилым помещением членами семьи прежнего собственника, если иное не установлено законом. Таким образом, новый собственник в судебном порядке может прекратить право пользования брата и снять его с регистрации.
Настоящий собственник дома также может до продажи дома снять пропавшего брата с регистрации, путем признания его в судебном порядке умершим либо безвестно отсутствующим