1. Так как одной из задач предстоящей перерегистрации ООО в 2009 году, является избавление Единого государственного реестра юридических лиц от недействующих юридических лиц и фирм-однодневок, то возможно проявление интереса со стороны налоговых органов к ООО не прошедшим обязательную перерегистрацию. Примером проявления такого интереса, может быть арест или блокировка расчетного счета организации.
2. Учредительные документы юридического лица утрачивают силу, как не соответствующие закону.
3. Невозможность осуществления прав юридического лица, например, невозможность участия в суде.

Кроме того, налоговые органы могут привлекать к ответственности согласно КоАП и Гражданскому кодексу РФ:

Административная ответственность для юридических лиц, не осуществивших приведение документов в соответствие закону, определена пунктом 3 статьи 14.25 КоАП РФ:
«Непредставление, или несвоевременное представление, или представление недостоверных сведений о юридическом лице или об индивидуальном предпринимателе в орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, в случаях, если такое представление предусмотрено законом, -
влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере 5 000 рублей».

Мало того, по статья 13.25 КоАП РФ, которая предполагает взыскание с юридических лиц значительных штрафов за нарушение порядка хранения документов.  Эту статью, компетентные органы, могут использовать при отсутствии в ООО документов, предусмотренных законодательством. Под эту норму попадают не только Уставы, но  и новые документы, которые, после перерегистрации Устава обязаны вести ООО (списки участников).

Штрафы по данной статье предусмотрены в следующих размерах:
на должностных лиц в размере от 2 500 до 5 000 рублей; на юридических лиц – от 200 000 до 300 000 рублей.

Кроме штрафов, может произойти ликвидация общества.
Регистрирующий орган может принудительно ликвидировать Общество, которое ведет деятельность с «неоднократными или грубыми нарушениями закона или иных правовых актов» предусмотрено статьей 61 Гражданского кодекса.

Вряд ли вышеприведенные санкции по окончании срока перерегистрации ООО примут массовый характер, тем не менее, риск их применения имеет место.